このメッセージは、給与明細書・賞与明細書を修正した場合に表示される、確定前の確認用メッセージです。
メッセージ：
「すでに取引が存在します。削除してもよろしいですか？」
修正した明細を確定する際、内部的には修正前の明細のデータを削除してから、修正後の明細のデータを新しく登録する、という動作を行っています。
この一連の動作中、修正前のデータを削除する前に、確認の意味でこのメッセージが表示されています。
このメッセージで［はい］ボタンをクリックすれば、修正後の明細のデータが問題なく保存されます。