書き出される仕訳の内容や件数に違いがあります。
総額入力のときは「給料手当」の仕訳が1件のみ書き出されます。
給与明細入力のときは、［仕訳設定］ダイアログの設定されている科目を明細とした、複合仕訳が書き出されます。
［仕訳設定］ダイアログの初期設定では、明細に使われる科目として「給料手当」「役員報酬」「旅費交通費」「社会保険」「住民税」「所得税」などが設定されています。
これらの科目は［仕訳設定］ダイアログで変更できるので、必要に応じて適宜設定し直してください。