［科目設定］ウィンドウの科目一覧では、補助科目を並べ替えたり、不要になった補助科目を削除することができます。
［科目設定］ウィンドウを表示するには、ナビゲーションバーの分類［メニュー］から、［設定］→［科目設定］をクリックします。
並べ替えの対象とする補助科目か、その補助科目が属する勘定科目を科目一覧で選択して、コマンドバーの［補助ソート］ボタンをクリックします。
表示されるダイアログで、並び替えの条件となるソートキーを選択し［OK］ボタンをクリックしてください。選択したソートキーで補助科目が並び替えられます。
並び替えの条件は「名称」「フリガナ」「検索キー1」「検索キー2」が用意されています。
科目一覧で補助科目を選択し、コマンドバーの［↑］（上へ移動）または［↓］（下へ移動）ボタンをクリックすると、選択中の補助科目の表示位置を変更することができます。ただし、現在補助科目が属する勘定科目を越えて位置を変更することはできません。
科目一覧で補助科目を選択し、右クリックして表示されたメニューから［コピー］をクリックします。続けて、コピー先の勘定科目を選択し、右クリックして表示されたメニューから［貼り付け］をクリックすると、補助科目のコピーすることができます。
コピー元とコピー先が同じ勘定科目内のときは、コピーされる補助科目の名前が、『コピー元の補助科目名』＋『1からの連番』になります。
科目一覧で複数の補助科目が登録されている勘定科目を選択し、コマンドバーの［補助全複写］→［補助全コピー（補助科目をまとめてコピー）］ボタンをクリックします。
続けて、コピー先の勘定科目を選択し、コマンドバーの［補助全複写］→［補助全複写（補助科目をまとめて貼り付け）］ボタンをクリックすると、複数の補助科目を同時にコピーすることができます。
コマンドバーの［補助全複写］→［補助全コピーの解除］ボタンをクリックするまで、続けて貼り付けすることができます。
補助科目を削除するには、科目一覧で目的の補助科目を選択し、右クリックして表示されたメニューから［削除］ボタンをクリックします。削除確認のダイアログが表示されるので、［はい］ボタンをクリックすると削除が完了します。ただし、次の補助科目は削除できません。
| ・ | 仕訳ですでに使われている補助科目 |
| ・ | 残高が入力されている補助科目 |