科目一覧では、補助科目を並べ替えたり、不要になった補助科目を削除することができます。
科目一覧で、並べ替えの対象とする補助科目か、その補助科目が属する勘定科目を選択して、コマンドバーの［補助ソート］ボタンをクリックすると、補助科目をフリガナ順に並べ替えることができます。
科目一覧で補助科目を選択し、コマンドバーの［↑］（上へ移動）または［↓］（下へ移動）ボタンをクリックすると、選択中の補助科目の表示位置を変更することができます。ただし、現在補助科目が属する勘定科目を越えて位置を変更することはできません。
まず、科目一覧で補助科目を選択し、右クリックして表示されたメニューから［コピー］をクリックします。続けて、複製先の勘定科目を選択しし、右クリックして表示されたメニューから［貼り付け］をクリックすると、補助科目の複製を作成することができます。
複製元と複製先が同じ勘定科目内のときは、複製される補助科目の名前が、『複製元の補助科目名』＋『1からの連番』になります。
補助科目を削除するには、科目一覧で目的の補助科目を選択し、右クリックして表示されたメニューから［削除］ボタンをクリックします。削除確認のダイアログが表示されるので、［はい］ボタンをクリックすると削除が完了します。ただし、次の補助科目は削除できません。
| ・ | 仕訳ですでに使われている補助科目 |
| ・ | 残高が入力されている補助科目 |